Papir za pakovanje je porozan materijal; njegova osnovna struktura se sastoji od biljnih vlakana i pomoćnih aditiva, dajući joj snažna hidrofilna svojstva. Kada je izložen vlazi, papir se deformiše; u težim slučajevima može razviti mrlje plijesni, a tokom skladištenja je sklona promeni boje i smanjenju vlačne čvrstoće.
Skladišta moraju biti suva, a nivo vlažnosti u okolini treba strogo kontrolisati. Prilikom slaganja papira, treba ga podići pomoću drvenih pragova-postavljenih otprilike 25 mm iznad poda-i držati ih na udaljenosti od zidova. Između paleta treba održavati značajne praznine kako bi se omogućila adekvatna ventilacija. Nakon što se slože, papir i palete treba čvrsto umotati zajedno koristeći streč foliju. Inventar treba periodično pregledavati-posebno paziti na stanje dna-većine paleta-i treba se striktno pridržavati principa "prvi-ušao, prvi-izlazi" (FIFO) kako bi se spriječilo propadanje papira uzrokovano produženim skladištenjem. Tokom upotrebe-posebno nakon rezanja ili tokom procesa štampanja-sve ostatke papira ili neiskorištene materijale treba odmah umotati u streč foliju kako biste ih zaštitili od vlage.
Prilikom transporta lomljivih predmeta, zgužvani papir za pakovanje može se koristiti kao materijal za{0}}punjavanje praznina kako bi zauzeo prazna mjesta unutar kontejnera za otpremu, čime se sprječava pomicanje predmeta i površinske ogrebotine [16]. Kartonske kutije napravljene od papira za pakovanje takođe zahtevaju zaštitu od vlage; nadalje, s obzirom na njihovu nisku tačku paljenja, tokom skladištenja moraju se poštovati posebne mjere zaštite od požara. Kartonske kutije namenjene za pakovanje hrane ne bi trebalo ponovo koristiti, jer to rizikuje proliferaciju bakterija i ugrožava bezbednost hrane.